1.养殖水环境持续恶化。随着养殖规模的扩大和密度的增加，因养殖对水环境和土壤环境等的消耗越来越大，以及在养殖过程中各类药物的使用，使得养殖水环境持续恶化。
2.主体生产方式落后，产业结构不合理，增长方式落后。
3.养殖模式趋同性，产品同质化，创新乏力，缺少具有强竞争力的养殖对象。
4.重产量、轻质量，品牌缺乏，不利于水产业的可持续发展。
5.智能化、自动化、机械化、信息化程度低。这是由水产行业的特点和对水产从业人员的文化程度要求较低决定的。
6.水产品质量安全形势堪忧。虽然国家相关部门加大了管理及处罚力度，但在养殖过程中仍旧存在着用药不规范、养殖密度超标、养殖水体和饲料不达标等诸多问题。
7.现代农业企业管理水平落后，技术创新能力较弱，人才严重缺乏。
8.病害问题突出。
二、水产养殖病害的主要问题及对社会造成的影响
1.有调查数据显示：每年从约90个养殖品种中可以监测到150——200种疾病。
2.水产养殖病害普遍存在着流行区域广、疾病种类多、死亡率高的特点。
3.因水产养殖病害造成的年经济损失达400亿——500亿元。
4.不可否认，水产养殖在一定程度上破坏了养殖水域的生态环境，水产品质量安全及人类健康受到威胁。
三、水产养殖病害防治技术研究领域的发展趋势
尽管我国淡水养殖产量在逐年提升，然而日趋严重的病害问题不仅给水产养殖者造成巨大的经济损失，而且严重威胁水环境安全、水产品质量以及人类健康。根据我国及世界水产养殖及病害防治现状，我认为目前水产养殖病害防治技术研究主要有以下几个发展趋势。
1.创新基础理论：深入研究疫病发生的内在原因、流行规律、感染与致病机理、宿主防御机制等理论性问题。
2.突破关键技术：着力突破疫病实用化诊断技术、新药创制与安全使用技术、疫苗研制与免疫预防技术、水生态环境调控技术、免疫刺激与代谢改良保健技术等关键技术瓶颈。
3.产业化方向：实用化诊断技术、水产新药、水产疫苗、微生态制剂与保健药物、抗病苗种与防病功能饲料。
4.多效益并举：经济效益、生态效益与社会效益并举。
5.构建综合防控体系：构建从源头抓起的基于生物安全防护、健康养殖规范与动物保健管理的综合防控技术体系。